HZJZ: Vizualizacija sekvenciranih SARS-CoV-2 uzoraka u RH
16.08.2022.
U okviru europskog plana pripravnosti za biološke prijetnje povezane s novim varijantama SARS-CoV-2 pod nazivom „inkubator HERA”, Republika Hrvatska je ojačala svoje nacionalne kapacitete za sekvenciranje cijelog genoma kako bi mogla pratiti pojavu i širenje novih varijanti SARS-CoV-2 virusa na svom području.
U tu svrhu izrađen je i vizualizacijski alat koji koristi otvoreni kod Nextstrain projekta (Hadfield, James et al. “Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution.” Bioinformatics (Oxford, England) vol. 34,23 (2018): 4121-4123. doi:10.1093/bioinformatics/bty407).
Vizualizacijski alat prikazuje rezultate dobivene analizom sekvenci cijelog genoma SARS-CoV-2 koje su pohranjene u GISAID bazi SARS-CoV-2 sekvenci (Khare, Shruti et al. “GISAID’s Role in Pandemic Response.” China CDC weekly vol. 3,49 (2021): 1049-1051. doi:10.46234/ccdcw2021.255) te su iz tog razloga rezultati analiza i dodatni podaci prikazani na engleskom jeziku. Filterom smo odabrali one sekvence iz baze koje imaju visoku pokrivenost ili dubinu očitanja (eng. high coverage) i unesen datum uzorkovanja.
Analize su obavljene alatima sa Nextstrain platforme, a podaci će se ažurirati dva puta mjesečno kako bismo znanstvenoj i široj javnosti omogućili jednostavniji pristup rezultatima sekvenciranja. Vizualizacijskom alatu možete pristupiti OVDJE.
