Centar je osnovan temeljem odluke Sveučilišta u Zagrebu u okviru Tempus projekta EQIBELT (Education Quality Improvement by E-Learning Technology) i službeno je počeo s radom u prosincu 2007. godine.

Centar za e-učenje uspostavljen je kao središnja točka na Sveučilištu u Zagrebu za koordiniranje, poticanje i razvoj aktivnosti u području e-učenja, s tim da funkcije i usluge nisu zatvorene unutar zidova Sveučilišta.

Tijekom godina rad Centra za e-učenje prepoznat je i od drugih nastavnika i ustanova u sustavu visokog obrazovanja te je proširio svoje djelovanje u primjeni i implementaciji e-učenja i novih tehnologija u obrazovanju na nacionalnoj razini.

Sustav za e-učenje Merlin, koji održavaju i razvijaju djelatnici Centra za e-učenje, u ovoj akademskoj godini podržava rad u virtualnom okruženju na više od 8.400 e-kolegija visokoškolskih ustanova, a podrška korisnicima, posebice nastavnicima, kao najveći prioritet Centra, svakodnevno je osigurana i dostupna kroz Helpdesk, tečajeve (učioničke i online) i radionice, priručnike i animacije, individualne konzultacije i zajedničke projekte s nastavnicima na razvoju njihovih kolegija.